改编自小说《机动战士高达UC》的漫画，相较于动画版故事会更忠实于原作，该作时间轴设定在U.C.0093年（夏亚叛乱，第二次新吉恩战争）与 U.C.0099年（月球危机）之间的U.C.96年，以地球联邦军的绝密计划为主线，描述了为争夺“拉普拉斯之盒”而使宇宙间再掀战火的故事。

和动画版相比特别明显的区别就是漫画中尚布罗的驾驶员罗妮·贾维的性格表现以及她父亲的情况与动画完全不同，以及多了初代高达动画中凯·西汀这一角色在本作中一条展现了他高光时刻的故事线。

剧情简介：

　　在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。
　　这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉恩的残党军“黒袖章”。
　　另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，密涅瓦·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。
　　随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。
　　随后，一场围绕“拉普拉斯之盒”的战争开始了……